Sistema Integrado de Epidemiología Genómica de Andalucía tiene como objetivo identificar a través de la secuenciación genómica completa, los patógenos procedentes de muestras alimentarias, ambientales y clínicas implicados en los procesos de Protección de la Salud y mejorar así la toma de decisiones. 

Tras la Conferencia conjunta celebrada en París en marzo de 2019 organizada por ANSES, BFR, NIFDS y DTU sobre la temática de la secuenciación genómica completa y sus implicaciones para los patógenos de origen alimentario, el Servicio de Seguridad Alimentaria comenzó a trabajar en la línea de implementación de la secuenciación genómica completa en Andalucía para la investigación de los microorganismos de interés alimentario.

Con el método tradicional, a veces es difícil encontrar el patógeno causante de un brote alimentario o de una toxiinfección alimentaria, son muchos los alimentos que pueden interferir en determinar el origen del mismo y aunque la encuesta epidemiológica es clave para su identificación, junto a la trazabilidad y a la toma de muestras de alimentos, con esta nueva herramienta, la secuenciación y su posterior tratamiento bioinformático, nos permitirá identificar con precisión la identidad del microorganismo patógeno responsable del brote.

Las muestras pueden ser alimentarias, de cualquier alimento sospechoso de contener microorganismos patógenos, ambientales, tales como agua, tierra, aire ambiente, así como las procedentes de ganaderías, cultivos etc y por último muestras clínicassusceptibles de haber producido una infección en el hombre, tal como sangre, orina, saliva, etc. 

Todas las muestras son transportadas al laboratorio en condiciones específicas según el tipo de muestra y procesadas para la extracción del ADN bacteriano que determinará la identificación precisa del patógeno. El laboratorio encargado de recepcionar el material genético realizará la secuenciación masiva del ADN y la secuencia obtenida, se enviará al Área de Bioinformática Clínica del Sistema Sanitario Público de Andalucía para su análisis bioinformático y traducción de la secuencia a un informe del mismo.

En el momento que se detecten síntomas de una posible toxiinfección y se tome una muestra clínica del paciente, podrá ser enviada al laboratorio para su secuenciación genómica. Una vez, identificado el microorganismo en cuestión de horas, sería más fácil apuntar hacia el posible alimento, superficie, agua, procedencia etc. Se toman muestras alimentarias y/o ambientales y si coincide el microorganismo patógeno a nivel de cepa de las muestra con el microorganismo tomado de la muestra de la persona, ya podemos realizar el control oficial sobre el origen del producto. 

Este procedimiento sería mucho más rápido y preciso que la asociación que puede hacerse por lo métodos convencionales, por lo que la identificación precoz del microorganismo acortaría mucho los tiempos para una posible intervención y respuesta por parte del control oficial, ya sea inmovilización y retirada del producto, clausura de instalaciones, etc. así como la discriminación de los casos clínicos en función de esos determinantes. En definitiva, todas las acciones posibles para evitar que llegue el microorganismo patógeno a la población y cause problemas de salud.

Ventajas de la Secuenciación Genética aplicada a la Vigilancia Epidemiológica:

• Enfoque “One Health”: 
• Precisión
• Colaboración
• Investigación
• Rapidez

El enfoque “One Health”, es una estrategia a nivel mundial que permite abordar patógenos que se propagan a través de las poblaciones humanas, entre animales y humanos, en el ganado y a través de la cadena alimentaria con un enfoque coordinado, multidisciplinar, transfronterizo e intersectorial eficaz "Una salud". 

Identificar la cepa del microrganismo de forma más precisa e inequívoca, gracias a la utilización del genoma completo, permitiendo incluso la atribución de la fuente y vías de transmisión. 

Generar un espíritu de colaboración entre las distintas unidades de la Junta de Andalucía y otros ámbitos académicos y de investigación a nivel autonómico y nacional.

Dar un salto cualitativo en la investigación, no sólo estudios prospectivos sino también retrospectivos relacionados con la salud, incluso avanzar en la resistencia a antimicrobianos o presencia de genes de virulencia.

Adelantar el momento de intervención en el caso de brotes de enfermedad transmitidas por patógenos, disminuyendo la aparición de nuevos casos asociados. 

¿Qué otros beneficios aporta la secuenciación genética de las muestras?

Cada vez que se tome una muestra relacionada con Protección de la Salud, se enviará al laboratorio para realizar su secuenciación genética y así, ir almacenando las cepas en un gran “cepario” o colección. Al igual que se podrá recepcionar secuencias genéticas procedentes de otros puntos de España o Unión Europea donde se hayan tomado muestras andaluzas.

El objetivo es crear una Base de datos Genómicos de Andalucía (BGA) con las muestras recogidas y secuenciadas, que sirva no sólo a la trazabilidad del origen de patógenos en brotes sino también al impulso de la investigación en Salud Pública sobre todo a través del uso del "Big Data sanitario".

Información suministrada de este enlace: https://www.juntadeandalucia.es/organismos/saludyfamilias/areas/seguridad-alimentaria/salud-alimentos/paginas/siega.html

Video de promoción internacional  de la iniciativa SIEGA andaluza